Di tengah diskursus tentang peran agama dan negara, pesantren mengambil peran unik dalam membentuk identitas ganda santrinya: menjadi Muslim yang taat (shalih) sekaligus warga negara yang patriotik (wathani). Program Pendidikan Kewarganegaraan di pesantren tidak hanya diajarkan melalui kurikulum formal di kelas, tetapi diintegrasikan secara mendalam dengan nilai-nilai agama, menjadikannya praktik hidup sehari-hari. Filosofi yang dianut adalah Hubbul Wathan Minal Iman (cinta tanah air adalah bagian dari iman), memastikan bahwa ketaatan kepada Tuhan berjalan selaras dengan kepatuhan terhadap hukum negara dan dedikasi kepada bangsa.
Inti dari Pendidikan Kewarganegaraan versi pesantren adalah Integrasi Sains Sosial dan Fikih. Santri diajarkan untuk memahami konstitusi dan undang-undang dasar negara (UUD 1945) bukan sebagai sistem sekuler yang terpisah, tetapi sebagai kesepakatan nasional (mitsaq) yang wajib ditaati selama tidak bertentangan dengan prinsip dasar syariat. Analisis ini sering dilakukan melalui forum Musyawarah / Bahtsul Masa’il, di mana isu-isu hukum dan sosial-politik dikaji menggunakan kerangka Ilmu Ushul Fikih untuk menemukan titik temu antara hukum positif dan hukum Islam. Misalnya, kajian tentang tanggung jawab sosial dan kepatuhan hukum dikaitkan dengan kaidah fikih tentang maslahah mursalah (kemaslahatan umum).
Penerapan Pendidikan Kewarganegaraan yang paling menonjol di pesantren adalah dalam praktik kedisiplinan dan tanggung jawab sosial. Santri dilatih untuk berdisiplin tinggi, mulai dari rutinitas asrama hingga pelaksanaan upacara bendera yang khidmat. Aspek ini selaras dengan Pendidikan Karakter dan Moralitas, yang menekankan pentingnya kejujuran, keadilan, dan kepedulian terhadap sesama—nilai-nilai yang merupakan fondasi dari masyarakat madani yang baik. Selain itu, banyak pesantren berkolaborasi dengan lembaga negara. Sebagai contoh, pada tanggal 17 Agustus 2025, dalam perayaan Hari Kemerdekaan, Kepolisian Sektor setempat mengirimkan petugas untuk memberikan ceramah di pesantren tentang pentingnya menjaga keamanan dan ketertiban masyarakat (Kamtibmas), menautkan kewajiban menjaga negara dengan perintah agama.
Melalui Pendidikan Kewarganegaraan yang komprehensif ini, pesantren berhasil Menciptakan Ulama Mandiri yang utuh: mereka tidak takut berinteraksi dengan dunia modern, mengerti sistem negara, dan siap berpartisipasi aktif dalam pembangunan bangsa. Santri lulusan pesantren bukan hanya ahli agama yang saleh, tetapi juga agen perubahan sosial yang sadar akan hak dan kewajiban mereka sebagai warga negara yang bertanggung jawab dan patriotik.